Né dans une famille noble originaire d'Albi, La Pérouse s'engage dans la Marine royale au début de la Guerre de Sept Ans. Il connaît son baptême du feu pendant ce conflit en Amérique du Nord et aux Antilles, sous les ordres du chevalier de Ternay, son mentor. Il est au siège de Louisbourg en 1758 et à la bataille des Cardinaux l'année suivante. Blessé au cours de ce combat, il est fait prisonnier en Angleterre avant d'être échangé. À la signature de la paix de Paris, il est affecté à différentes missions d'escortes, notamment à destination de l'Isle de France où il passe cinq ans et rencontre sa future femme.
Rentré en France avant le début de la guerre d'indépendance des États-Unis, il est promu lieutenant de vaisseau et décoré de la croix de Saint-Louis. Lors de la reprise des hostilités, il participe aux combats contre les Britanniques aux Antilles - il est à la prise de la Grenade et aux combats de Saint-Christophe et des Saintes - et il est chargé de conduire une expédition contre les établissements britanniques en baie d'Hudson, où il démontre sa valeur maritime et militaire en capturant deux forts britanniques.
Capitaine de vaisseau à la fin de la guerre, il est choisi par le marquis de Castries, ministre de la Marine et par Louis XVI pour diriger une expédition autour du monde visant à compléter les découvertes de James Cook dans l'océan Pacifique. Cette expédition maritime autour du monde, qu'il commandait, disparaît corps et biens à Vanikoro (îles Santa Cruz) en 1788, trois ans après son départ de Brest.
Une expédition de secours commandée par le vice-amiral d'Entrecasteaux est envoyée dans les années qui suivent le naufrage (1791-1794), sans succès. Le mystère de la disparition de La Pérouse n'est percé qu'en 1826 par Peter Dillon et par Jules-Sébastien-César Dumont d'Urville en 1828, qui retrouvèrent l'épave de L'Astrolabe. Enfin, Reece Discombe identifie celle de La Boussole en 1964.
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